Необходимо проверять наличие реализации на стороне 1с в момент поступления ДС и заполнять поле сотвестующей пометкой на стороне 1с
Необходима односторонняя интеграция проведенных смарт процесса из 1с в битрикс только тех оплат поставщику, которые описаны выше. При создании оплаты по цепочке подгружать информацию о заказе и битрикс выгруженный смарт-процесс связывать со сделкой. + те поля которые выше описаны все выгрузить надо.
Установить фильтр, что выгружались только оплаты связанные с заказами, выгруженными из битрикс (в дополнительно в заказе заполнен номер заказа, к примеру такой фильтр)